#5 sí, todos los proyectos de software libre están llenos de problemas, no como el software privado.
Si su software es sólido no tienen de qué temer.
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#2 Con el código fuente al completo puede comprometer la seguridad de su servicio, ya que podría contener vulnerabilidades que otros podrían explotar, comprometiendo la seguridad del sitio y los datos de los usuarios. Que pase esto también es un problema para los lectores y usuarios (por la falta de confianza ante la protección de datos sensibles) y a los socios del NYT.